第9条缔约一方与缔约另一方投资者争议解决，该条规定了两个缔约国私权主体之间因投资产生的争议的解决途径。协定首先强调，缔约一方与缔约另一方投资者之间产生的与投资相关的任何争议应尽可能通过协商友好解决，如争议自争议任何一方提出之日起六个月内未能通过协商得以解决，则应将争议经如下途径解决：一是提交给作为争议一方的缔约方国内有管辖权的法院；二是提交给根据1965年3月18日在华盛顿签署的《关于解决国家和他国国民之间投资争端公约》设立的解决投资争端国际中心(如果该公约对缔约双方均已生效)，或依据解决投资争端国际中心附设机构规则进行(如果该公约对缔约一方未生效)；三是根据《联合国国际贸易法委员会仲裁规则》设立的专设仲裁庭。协定确认，一旦投资者将争议提交给相关缔约方有管辖权的法院，或者提交给“中心”仲裁，或者提交给专设仲战庭，其选择将是终局的。并且在被选择的法院或仲裁机构的判决或裁决也是终局的，对争议双疗均有拘束力。缔约各方应当依据本国法律和法规保证该裁决的执行。根据协定，仲裁裁决应当基于本协定的条款；投资东道国的法律和法规，包括与法律冲突相关的规则；国际法的规则和普遍接受的原则。

　　在中俄两国政府签署《中俄保护投资协定》的同时又签署了《关于促进和相互保护投资协定议定书》，其中的条款作为本协定的组成部分。该议定书主要内容包括：其一是明确协定不适用于中华人民共和国香港特别行政区和澳门特别行政区。其二是关于《中俄保护投资协定》第9条，在投资者将本协定第9条所提及的争端递交解决投资争端国际中心和专设仲裁庭之前，作为争端一方的缔约方可以要求相关投资者用尽该缔约方法律法规所规定的国内行政复议程序。该国内行政复议程序应当在最惠国待遇的基础上实施，应当自行政复议机构受理投资者行政复议申请之日起不超过90天。如果行政复议机构没有受理上述申请或在受理后90日内未予答复，相关投资者有权将该争端递交本协定第9条第2款第2项和第3项所规定的解决投资争端国际中心和专设仲裁庭，不应阻止投资者将争端递交解决投资争端国际中心和专设仲裁庭，不应取代本协定第9条第2款第2项和第3项所提到的仲裁程序和机构。