俄罗斯空天防御部队的诞生被认为是军事改革的积极成果之一。确实，空天防御部队的组建表明：俄罗斯国家和武装力量领导人已经意识到，“敌人不会坐着坦克来打我们，敌人将会开着飞机来打我们或者从空中投送武器”。

　　空天组织的演变和问题

　　组建空天防御部队的主要理由是，世界主要国家的导弹和空中、太空袭击武器正在变成一个综合性武装斗争系统。这种转变的关键因素之一是，最近的将来，这些国家将装备能够在30-120公里高空行动的高超音速飞行器。为了对抗空天敌人，必须将防空系统和导弹-太空防御系统有机地结合为一个共同的空天防御系统。这一系统的主要组成部分应是空中-太空袭击侦察和预警系统（称作情报保障系统更为准确）、杀伤和压制系统、保障和控制系统。一年前组建的空天防御部队将防空部队及其装备、导弹-太空防御部队及其装备有机地结合起来，并演练其联合使用方法。

　　但是更确切的研究表明，这一积极步骤暂时尚未达到空天防御构想提出的“在统一的领导下、在共同的武装斗争体系中、按照共同的意图和计划组织各军（兵）种军队集团的作战行动”的目标。既定目标没有实现的主要原因是，在组建空天防御部队时忽视了军事科学界的建议——必须组建不仅承担义务、还要拥有“组织各军（兵）种军队集团作战行动”的权力的战略指挥机关。

　　2000年代末、2010年代初，空天防御在俄罗斯武装力量中变得十分时髦。甚至那些难以想象空天领域行动内容多样性和复杂性的部门也在争夺空天防御部队的指挥权。在这场争斗中没有胜利者，采取了脱离军事科学依据的折衷解决方案。也就是说，与任何时候一样，先由军队官员做出决定，再由学者来论证这一决定是正确的。这样解决问题自然“与任何时候一样”，导致现有问题加剧，而且出现了新问题。

　　空天防御部队的指挥问题、情报保障问题、与空天敌人作战的武器发展问题在很大程度上更严重了。因为需要将防空和导弹-太空防御部队与装备整合为一个体系，因而出现了空天防御部队指挥自动化的问题。此外，俄罗斯武装力量改革的一系列其他措施也造成了空天防御部队防空兵力和装备内部及与歼击航空兵的相互协同问题及专业人员培养、科研综合体、基础设施建设问题。

　　在空天防御领域的问题中，指挥问题占有特殊位置。这是因为，正是指挥系统将各分系统联为一个整体——空天防御系统。空天防御部队的指挥问题早在这一兵种组建之前就已存在。其实质在于，俄罗斯联邦武装力量自1997年起就没有负责空天防御系统建设及该领域研究工作的指挥机关和负责人员。1997年以前，苏联和俄罗斯联邦曾有统一的国土和武装力量防空体系，它们由独立军种——防空军的总司令部负责。防空军总司令部领导导弹-太空防御部队并组织其与防空部队联合演练抗击巡航导弹和弹道导弹打击的行动。这是空天防御体系最早的现实组成部分。

　　用防空区条例对防空军、陆军防空部队、空军歼击航空兵和海军防空部队各军团和兵团的使用做出严格规定保证了各军种的防空部队能联合为国土和武装力量的统一防空体系。但是在取消防空军的过程中这个统一的体系被破坏了。防空军作为一个军种被解散，各防空区从军团变成区域，而防空军编成中的导弹-太空防御部队最初被移交给战略火箭军，后来又转隶航天部队。

　　导弹-太空防御部队先是被移交给一个军种，后来被移交给一个兵种，接收它的军种和兵种都担负着全然不同的任务，有着迥异的指挥原则，这完全违反了军事战略合理性，而只遵循了唯一的目标——保住个别军事首长肩章上的金星。这些在导弹技术装备使用和发射方面素养极高的领导不可能马上精通导弹-太空防御部队及装备完全不同的指挥原则。结果这实际上导致了统一的导弹-太空防御体系的消失，使其与防空体系完全失去了联系。

　　导弹-太空防御系统中的导弹袭击预警系统、太空监视系统和战略反导防御系统是按照直接任务作为相对独立的系统而建立的。把它们联合为一个统一的系统需要统一的指挥来保证——首先是在导弹-太空防御部队框架内，然后是在导弹-太空防御军团框架内。显然，对导弹-太空防御系统（实际上与航天兵的任务无关）完整体系消失的担心迫使航天兵司令部取消了导弹-太空防御军团，而在独立部队——导弹袭击预警总中心和太空侦察总中心——以及反导防御师中保留了其分系统。同时，可以推测，缩写РКО的含义从“导弹-太空防御”变为“太空侦察”是为了让所有的人忘掉综合使用导弹-太空防御部队与装备的必要性。

　　反导防御师和3个防空旅被置于防空-反导防御司令部的统一指挥之下也是空天防御部队组建过程中的一个积极方面。这一司令部承担在莫斯科市和中央工业区特别重要地区（在这些地区集中了所有主要的国家管理和军事指挥机关以及独一无二的军事工业企业）防御目标免受敌人空天袭击装备打击的职责。正是该司令部作为空天防御系统的主要部门应将反导防御和防空部队与装备置于统一指挥之下。但是在过去未来得及采取实际联合行动。这主要是因为一系列因素，首先是指挥机关中没有联合反导防御和防空兵力与装备的专家。

　　在防空军被撤销后的15年时间里，知道什么是空天防御系统的专家从俄罗斯联邦武装力量军事指挥机关中全部流失了。因此，在成立空天防御部队司令部时也缺乏这样的专家。该司令部在过去的一年里不得不“学习空天防御科目”，研究完成所担负的任务的方式、方法，如何使用防空和反导防御兵力与装备，以及如何将它们联为一个统一的体系。在过去的一年里在这一方向上做了许多工作，但这主要是个认识过程。从空天防御的内容出发，这一过程内容非常丰富。空天防御专家需要了解装备和防空（防空导弹部队、无线电技术部队、防空航空兵、野战防空部队、海军防空部队、电子战部队与装备、无线电侦察、自动化指挥系统）、导弹-太空防御（导弹袭击预警、太空监视、反导防御、反太空防御）兵力与装备使用原则。

　　尽管空天防御军事学院曾多次建议,俄罗斯联邦武装力量中还是没有组织培养这样的专家。在武装力量科研综合体中也没有真正的空天防御专家，防空与导弹-太空防御问题由不同的机构进行研究。因此，在撤销防空军之后，空天领域实际上已经停止了认真的科学研究。甚至1997年组建的担负防空任务的新的空军里也禁止谈论“空天防御”这一术语。

　　由此出现了干部和科学方面的管理问题。其实质在于没有能够在科学的基础上制定导弹-太空防御系统的战略系统与战役、战术防空系统联合行动办法的专业人员，也没有能够实际组织这些行动的专业人员。